Borrar la lista de mensajes no leídos que queda guardada en el inicio de sesión del Messenger y mostrados también en la pantalla de bienvenida durante el inicio de sesión se puede llevar a cabo mediante la edición del registro

Para ello iniciaremos la herramienta regedit.exe desde el menú Inicio->Ejecutar->regedit

Una vez abierto navegaremos hasta la clave

HKEY_CURRENT_USERSoftwareMicrosoftwindowsCurrentVersionUnreadmail

En esta clave, encontraremos todas las cuentas de correo existentes.

Señalando cada una, en el arbol que se despliega en la parte de la derecha, veremos un valor DWORD cuyo nombre sera MessageCount cuyo contenido tendremos que poner a 0 para que no te vuelva a indicarnos la pantalla de bienvenida el número de mensajes sin leer.